2.2.1 米国の現状

(1) 概略

 米国については、Cornell大学のNeuroscience研究機関のリンクリスト(http://neuro.med.cornell.edu/VL/)、及び、Neuroscienceの資源リストを公開しているNeuroscience on the Internet(http://www.neuroguide.com/)を基点にWebのリンクを辿って調査した。

 米国では、1990年上院議会において「脳の10年(the Decade of the Brain)」が決議され、脳研究に行財政的支援を与えることが決議された。これを受けて、主要大学等に脳神経科学部門や脳科学研究所などの学際的研究施設が設立され、様々な研究支援策が実施されている。これに伴い、脳科学の研究者数も年々増加し、現在米国の脳科学関連の研究者数は10万人を越すといわれている。また、総合的な研究機構が脳研究についても大きな役割を果たしており、大学等への資金の助成や研究ユニットの設置・運営を通じ、様々な専門分野を横断するような研究の要請に対応している。さらに研究成果はWeb等を通じ積極的に広報されている。

 以下に、重要なNeuroinformatics関連のプロジェクトであるHuman Brain Projectを紹介する。また、The Visible Human Project、The Whole Brain Atlasについて紹介する。

(a) Human Brain Project
 <http://www.nimh.nih.gov/neuroinformatics/index.htm>

 Human Brain Projectは、1980年代にNational Institutes of HealthとNational Science Foundationで神経科学者と積極的なプログラムディレクターとの論議の中で生まれたプロジェクトであり、1993年4月2日に正式にNIH Guideでアナウンスされた。

 Human Brain Projectでは、立ち上げ時において、研究チームの重要なメンバーとして、実験神経科学者だけでなく情報科学の専門家も必要とした。また、その資金については、広い範囲の団体から支援をうけている(支援機関については(1)を参照のこと)。

 Human Brain Projectは、ヒトの脳における健康時や病気時の分子、細胞、回路、組織の完全な地図を神経科学者が作るための情報科学(技術)のサポートを与える。さらに、WWWにより、試験的プロジェクトをリンクしたり、あらゆる地域で神経科学者がデータベースやツールを作ったり、互いに利用する理想的な手段を供給できる。また、このプロジェクトでは、あらゆる生物種を受け入れるということが特筆される。あらゆる生物種について基本的な研究をするということは、人間を理解することや、人間の健康の改善に貢献するために必要である。

fig:1

Human Brain Projectのホームページ

(1) Human Brain Projectの支援機関

 Human Brain Projectでは、以下に示す研究に重点が置かれている。

Human brain imaging

 本プロジェクトでは、脳画像のためにかなりの労力がつぎ込まれている。多くの研究センターでは、脳の活動のマッピングを行うPET、MRI、fMRI、MEG、EEGの研究を積極的に行っている。これらの研究では、膨大な量のイメージデータ(数GB、数TB)を非常に多く作り出す。Human Brain Projectの最初の5年間では、ヒトの脳画像を比較するといった情報科学の問題を解決するために多くの努力がなされた。この問題には次のようなものが含まれる。

  • 脳画像をどのように関連付けていくか。
  • さまざまな患者やさまざまな研究室からの脳画像をどのように関連付けるか。
  • 膨大なデータセットを研究室間でいかに効果的に交換できるか。
  • 脳画像の記録がデータマイニングにとってどれだけ利用価値があるか。
Brain map and atlases

 脳地図の作成に関する研究は、様々な病態の脳と比較するための標準脳地図の開発を必要としている。このような研究はHuman Brain Projectの他にもいくつか研究が行われている。これらの中で最も初期のものの一つにラットの脳に関するBrain Browserがあり、Digital Atlasがヒトを含むいくつかの生物種において発展している。これらDigital Atlasは研究に値する実用性があり、また医学生や大学院生に神経解剖学を教える際の必要不可欠な部分となっている。Human Brain Projectの第一の目的は神経科学研究を支援するためのツールを供給することであるが、学校教育を受けている子供達や一般の人達を含んだ、科学教育としてもかなり意味のあるものになる。

 Brain Atlasの必要性に加えて、脳機能を分析するには、領域内の組織の地図を作ることが必要とされる。先行して行われているのが視覚野の地図であり、そこには多数のサブ領域が存在し相互に結合しているため、きわめて複雑になっている。これらの領域をマッピングするためには、視覚皮質領域の三次元の表面を二次元に変換する必要がある。視覚野領域のマッピングだけでなく他の領域についても適用できるように必要に応じて変換や歪曲ができるCARET(http://v1.wustl.edu/caret)といった高性能のソフトウェアが開発され、Web上で利用されている。

Neuronal property

 Human Brain Projectのスタートからの重要な目標の一つにあらゆるレベルの脳のデータに関する情報科学的なツールを支援することがある。これらのデータには、塩基配列データ(最も基本的なレベル)から脳画像(最も高いレベル)まであり、その間には、脳機能の基礎となる重要な神経細胞膜特性について非常に多くのレベルのデータがある。いくつかの試験的プロジェクトでは、これらの様々なレベルのデータを扱っており、明確なシナプスの構造、神経膜の特性、神経形態学や生理学上のデータを格納したデータベースが構築されている。

Integrating data into models

 ある特定の神経細胞の特性を理解するためには、他の細胞の持つ特性と関連させて評価する必要がある。こうしてデータを統合することにより、計算上のモデルを導き出すことができる。データを統合してモデル化することは、Human Brain Projectの重要な目的の一つである。

次にHuman Brain Projectに参加している研究グループを(2)に示す。これらのグループで行われている上記以外のプロジェクトについていくつか紹介する。

(2) Human Brain Projectに参加している研究グループ
  1. Department of Biological Structure, University of Washington, Seattle, WA
  2. Department of Electronic and Computer Engineering, University of Colorado, Boulder, CO
  3. ICBM (International Consortium for Brain Mapping) School of Medicine, University of California, Los Angeles, Los Angeles, CA
  4. Department of Neuropharmacology, The Scripps Research Institute, La Jolla, CA
  5. Division of Biology (Bower Lab), California Institute of Technology, Pasadena, CA
  6. NeuroImaging Research, Stanford University School of Medicine, Stanford, CA
  7. Yale Medical Informatics Center, School of Medicine, Yale University, New Haven, CT
  8. Biological Imaging Center, Beckman Institute, California Institute of Technology, Pasadena, CA
  9. Research Imaging Center, University of Texas Health Science Center, San Antonio, TX
  10. NASA AMES Biocomputation Center, Moffett Field, CA
  11. Center for Neuroscience, University of California, Davis
  12. Department of Anatomy & Neurobiology, Washington University, St. Louis, MO
  13. University of Southern California Brain Project, University of Southern California, Los Angeles, CA
  14. Functional Neuroimaging Group, University of Minnesota, Minneapolis, MN
  15. Center for Imaging Science, Washington University, Department of Electrical Engineering, Saint Louis, MO
  16. UCSD Retina Information Page, University of California, San Diego, La Jolla, CA
  17. University of Chicago HBP Group, University of Chicago18. Department of Anatomy and Neurobiology, University of California at Irvine, Irvine, CA
  18. Cornell University Medical College, Cornell University Medical College, New York, NY
  19. Johns Hopkins NeuroImaging Laboratory, Division of Neuroradiology, Department of Radiology, Johns Hopkins University, Baltimore, MD
  20. Internet Brain Segmentation Repository, Center for Morphometric Analysis, Massachusetts General Hosptial, Boston, MA
① USC Brain Project
 <http://www-hbp.usc.edu/HBP/Home.html>

 USCBP(University of Southern California Brain Project)は、Dr. M. A. Arbibを中心にUSCで進められているプロジェクトであり、神経科学、計算機科学、Neuroinformaticsへの貢献を目指している。神経科学に対しては、学習におけるシナプス可塑性の理解、神経病理の治療、感覚制御系における神経調節機構の解析等において寄与すると考えている。計算機科学、Neuroinformaticsにおいては、神経科学分野における実験とモデルを結合していくためのデータベース管理、検索、視覚化、シミュレーションシステムの開発を行っている。

 本プロジェクトでは以下の4つの分野で研究している。

  • 時系列データ (Laboratory time-Seriese Data)
  • 形態データ (Atlas-Based Data)
  • Web上の脳モデル (Brain Models on the Web)
  • データ管理、データマイニング (Data Management and Mining)

 また、基本となるアイディアは以下の通りである。

  • 実験データの保存法 (Repository of Empirical Data (RED))
  • 様々な形式のデータフォーマットを格納するデータベース (Summary Data Base (SDB))
  • 出版物の電子化 (Article Repository (AR))
  • 計算神経科学モデルのデータベース (Model Repository (MR))
fig:2

開発を進めているシステムの4つの分野

② Department of Biological Structure
 <http://sig.biostr.washington.edu/projects/brain/>

 人の臓器について空間情報と記号情報で表現するStructual Information Serverを作成し、脳のマッピングを行うためのツール(Brain Mapper,Web-based Retrieval)を提供する。(現在DBやツールは未公開。)

③ The SenseLab Project
 Yale Medical Informatics Center, School of Medicine, Yale University
 <http://senselab.med.yale.edu/>

 Gordon Shepherd教授の下で進められているプロジェクトであり、Neuroinformaticsツールの開発を行っている。このプロジェクトでは、嗅覚系をモデルシステムとし、神経システムに関する情報の収集、普及、ツールの開発を行うことを目的としたコンピュータネットワーク、データベース、解析用ソフトウェアの整備を進めている。

 G. Shepherdらの実験研究では、生理学レベル、解剖学レベル、分子レベルといった幅広い観点、手法によって、シナプス回路の組織構造や嗅覚系における感覚情報基盤の理解を進めている。このような実験と並行して、生理実験データの解釈や新しい実験のための作業仮説の提示を目的とした数理モデルの研究も行っている。SenseLabでは、嗅覚神経細胞の特性と嗅覚やマップの実験的研究に利用する情報ツールの開発を行っている。例えば、

  • データマイニング
  • 論文未発表データの保存と解析
  • 神経細胞やそれらに関する他分野に渡るデータの統合
  • 様々な神経細胞に共通した細胞膜の特性を探索するためのツール開発
  • データ入力からモデル構築の自動化
  • データの品質保証

等について研究している。これらの研究成果として、以下のデータベースを公開している。

Olfactory Receptor Database (ORDB)

 嗅覚レセプター蛋白のデータベース。G蛋白結合レセプターに関する遺伝子のシーケンスを格納しており、シーケンス検索が可能である。また、解析ツールも提供している。ORDBに登録されている遺伝子配列や3Dモデルをブラウザによって閲覧可能である。ORDBにはデータソース、研究室、生体器官、細胞組織などが登録されている。ORDBのユーザグループに登録すると、ORDBへの登録が可能になる。

NeuronDB

 NeuronDBは、神経細胞の電位作動性チャネル、神経伝達物質のレセプター、神経伝達物質に関する情報が形態学的情報とともに格納されており、特定神経細胞の任意の部位の特性を参照することが可能である。NeuronDBには以下の方法でアクセス可能である。

  • Compartmentmentalized Neruons
  • Properties: Currents, Recepters or Transmitters
  • Canonical Forms
  • Bibliographic searche
fig:3

NeuronDBのインターフェイス

ModelDB

 NeuronDBの中からModelDBの機能にアクセス可能であり(現在一部のみ)、シミュレータNEURONでのモデル記述ファイルを参照可能となっている。

④ Department of Electronic and Computer Engineering
 <http://www.bbb.caltech.edu/hbp/database.html>

 J. M. Bowerが開発したニューロシミュレータ(GENESIS)で利用可能なデータベースシステムを構築している。これによりインターネットを介して細胞モデルの検索、利用、シミュレーションを行うためのシステム構築を行っている。システムをCORBAで実現しようとしており、以下の機能を持っている。

  • 検索機能 (Search for models on subcellular and single cell levels)
  • 設定パラメータの表示とモデルの3次元表示機能
  • 新規モデルの設定 (モデル構築支援)
  • GENESISによるシミュレーション
⑤ Department of Anatomy & Neurobiology
 Washington University
 <http://v1.wustl.edu/>

 Van Essen Lab.のプロジェクトであり、SLACC, CARET等の大脳皮質のマップ作成ツール、神経解剖学データを格納したXANATデータベースをダウンロードすることが可能である(一部のシステムは登録しなければならない)。なお、画像データについてはVisible Human Projectのものを利用している。

⑥ UCSD Retina Information Page
 http://www-cajal.ucsd.edu/

 NeuronRetDBという網膜のデータベースシステムの構築。データベース構造については、このサイトに紹介されている論文に記述されている。

(b) The Visible Human Project
 <http://www.nlm.nih.gov/research/visible/visible_human.html>

 1986年から行われているNational Library of Medicine(NLM)のプロジェクトであり、人体の3次元(解剖学的詳細なデータ−CT,MRI等のイメージ)データセット(Visible Human Data Set)を作成している。また、これらのデータを用いて人体の断面を可視化するツール(2D,3D)があり、データと合わせて公開している。世界各地にミラーサイトがあり、日本では大学医療情報ネットワーク(UMIN)がミラーサイトを運用している。

fig:4

The Visible Human Projectのホームページ

fig:5

Visible Human Data Setを用いた人体の断面を表示するツール

(c) The Whole Brain Atlas
 <http://www.med.harvard.edu/AANLIB/home.html>

 脳全体の機能地図の作成を試みており、以下のようなカテゴリに分類し、Javaを用いて脳の断面がビジュアル化可能となっている。

 本プロジェクトの支援団体は以下の通り。

 The Whole Brain Atlasの支援団体

fig:6   fig:7

The Whole Brain Atlasのホームページ、及び標準構造と血流の地図の表示

(d) Neuroscience on the Internet
 <http://www.neuroguide.com/>

 Neurosciences on the Internetは、インターネット上に存在する神経科学資源の最新の総合的なインデックスである。本サイトは、1994年12月26日に初めて公開されており、Neil A. Busisによってメンテナンスされている。

 本サイトは、Software, Database, Image, Search等のカテゴリに分類され、興味のあるカテゴリからアクセス可能となっており、内容的にも充実している。

fig:8

Neuroscience on the Internetのページ

(2) 資源リスト

 以下に本調査で収集したNeuroinfromatics資源のリストを示す。

(a) 遺伝子レベル

① 配列データベース

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
GenBank http://www.ncbi.nlm.
nih.gov/Web/
Search/index.html
GenBankシーケンスデータベースをはじめとする様々な情報が総合的に網羅された形でDB化されている。 National Center for Biotechnology Information (NCBI) National Library of Medicine
PDB (Protein Data Bank) http://www.rcsb.org/ プロテイン・データバンクは、タンパク質に限らず、DNAやRNA等の核酸や多糖類も含めた生体高分子一般の構造データを登録する機構。日本とオーストラリアに提携配布センターを持っており、日本では大阪大学蛋白質研究所である。1999年1月1日より、PDBの運営が Brookhaven National Laboratory から Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)に変わった。 Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB)
DNA Parrot talking DNA
sequence readers
http://www.ttres.com/ DNA配列エントリーツール。 T&t Reserch info@ttres.com

② ヒトゲノムデータベース

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
The Genome Database (GDB) http://gdbwww.gdb.org/ 遺伝情報と遺伝性疾患を結びつけたデータベースであり、OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man) も含まれている。 The Johns Hopkins University Bioinformatics
Human Gene Map http://www.ncbi.nlm.
nih.gov/SCIENCE96/
ヒトゲノムの遺伝子配列データベース。 National Center for Biotechnology Information (NCBI) National Library of Medicine

③ 統合データベース環境

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
Entrez http://www.ncbi.nlm.
nih.gov/Entrez/
ゲノムデータ(塩基配列)とMEDLINEを統合したデータベース。また、PDBに基づくタンパク質の3次元構造も表示可能。 National Center for Biotechnology Information (NCBI) National Library of Medicine D. Lipmann

④ その他ゲノムデータベース等

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
ACeDB http://elegans.swmed.edu/
Software.html
C elegans(線虫)に関するゲノムデータベース。 Department of Molecular Biology and Oncology
University of Texas Southwestern Medical Center
Richard DurbinJean Thierry-Mieg
A C elegans database
Caenorhabditis elegans software
http://elegans.swmed.edu/
Software.html
線虫に関する情報を検索できるツール。線虫のゲノムマッピングやシークエンスプロジェクトの一部 Department of Molecular Biology and Oncology
University of Texas Southwestern Medical Center
Leon Avery leon@eatworms.swmed.edu
Saccharomyces Genome Database http://genome-
www.stanford.edu/
Saccharomyces/
酵母の全塩基配列データのデータベース。 School of Medicine, Stanford University. David Botstein
otstein@genome.stanford.
edu
Berkeley Drosophila Genome Project http://www.fruitfly.org/ ショウジョウバエのゲノムプロジェクトのデータを蓄積しているデータベース。画面には物理地図、配列マップを基本として、実際のDNAの塩基配列を呼び出して見ることができる。 Drosophila Genome Cente
bio.perl.org http://bio.perl.org/ Bioinformatics関連のツールを利用するためのPerlライブラリ。 bio.perl.org dag@sonsorol.or

(b) 分子レベル
① 分子モデリング

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
NIH Center for Molecular Modeling http://cmm.info.nih.gov/
modeling/
医薬品の開発に関連した分子モデリングのサイト。分
子モデリングのための分子構造データとモデリングソフ
トへの案内がある。
The Center for Molecular Modeling (CMM)National Institutes of Health PeterSteinbach
steinbac@helix.nih.gov
Klotho: Biochemical Compounds Declarative Database http://www.ibc.wustl.edu/
klotho/
細胞内生科学反応で重要な働きをしている比較的小さ
な生物分子のデータベース。
Institute for Biomedical Computing Washington University Toni Kazic
toni@athe.wustl.edu

② 解析ツール

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
Moirai: Modeling Biochemistry http://www.ibc.wustl.edu/
moirai/
化合物の構造の生成、反応の予測などを行うツールを集めた統合環境。 Institute for biomedical computing Washington University Toni Kazic
toni@athe.wustl.edu

(c) 細胞レベル
① 神経細胞データ関連

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
NeuronDB http://senselab.med.
yale.edu/neurondb/
脳の各部位のニューロンについてのデータベース。ModelDBとGENSISを組み合わせてシミュレーションを行うための解析環境を提供 Yale Medical Informatics CenterSchool of MedicineYale University Gordon M. Shepherd
E-mail:
gordon.shepherd@
yale.edu
ModelDB http://spine.med.yale.edu/
modeldb/
ニューロンに関する数理モデルのデータベース。NeuronDBとGENSISを組み合わせてシミュレーションを行うための解析環境を提供 Yale Medical Informatics Center
School of Medicine
Yale University
Gordon M. Shepherd
E-mail: gordon.shepherd@
yale.edu
XANAT http://stp.wustl.edu/
xanat.html
神経解剖学画像データベース Washington University School of Medicine
Department of Anatomy and Neurobiology
Bruno Olshausen
baolshausen@
ucdavis.edu
Cortical Neuron Net Database http://cortex.med.
cornell.edu/
index.html
皮質ニューロン網データベース Human Brain Project NIMH-funded research atCornell University Medical College
EMMA (Electronic Mapping and Morphometry Analysis) NeuroZoom http://WWW-HBP-NP.
scripps.edu/home.html
光学顕微鏡やレーザ顕微鏡の制御、画像の取得、神経細胞を脳組織にマッピングするシステムEMMA (Electronic Mapping and Morphometry Analysis)を開発している。本システムはX-windowで動作するようCで記述されている。NeuroZoomは、顕微鏡データの取得、解析、表示を行うシステムである。 Department of NeuropharmacologyThe Scripps Research Institute Floyd Bloom ,
Warren Young
ELECTROPHYSIOLOGY Simulation Programs http://pb010.anes.ucla.edu/ JavaやShockwaveで利用できる電子生理学のシミュレーションプログラム UCLA Department of Anesthesiology F. Bezanilla
fbezanil@ucla.edu

② イオンチャネルデータ関連

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
Channel Tutor Software http://chroma.med.miami.edu/
scisoft/
イオンチャンネルシミュレータ The Bookman Lab  University of Miami School of Medicine webmaster@chroma.
med.miami.edu.
QuB http://www.qub.buffalo.edu/ パッチクランプデータ解析ツール。1つのチャネルの記録を容易に分析することを目的としている。SKMとMILを使うと、持続時間のヒストグラムの曲線にあわせる必要もなく、速度定数が計算できる。多重チャネルの記録や、不定データの動態も分析することができ、速度定数の膜電位依存性も計算できる。電流の転移は相当量のノイズがあっても調べることができる。SIMUによってユーザは必要とされる状態と関連を持つモデルを作成し、1チャネルの電流をシミュレートすることが可能。プログラムはすべてGUIを備えている。 Department of Biophysical Sciences, State University of New York at Buffalo F Qin,A AuerbachF Sachs

③ 視覚関連

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
NeuronRetDB http://www-cajal.ucsd.edu/ 網膜のデータベースシステムの構築。データベース構造は、本サイトの論文に記述されている。 UCSD Retina Information PageUniversity of California Patrick Kelly
phkelly@ucsd.edu
Harvey Karten
hjkarten@ucsd.edu

④ 嗅覚関連

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
Olfactory Receptor Database (ORDB) http://crepe.med.yale.edu/
ORDB/HTML/
嗅覚のレセプタータンパクデータベース。嗅覚レセプターのシーケンスを格納しており、シーケンス検索が可能。 Yale Medical Informatics CenterSchool of MedicineYale University Gordon M. Shepherd
gordon.shepherd@
yale.edu

⑤ 代謝関連

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
Biocatalysis/Biodegradation Database http://www.labmed.umn.edu/
umbbd/index.html
有機化合物の生分解反応パスウェーに関するデータベース。収録されているパスウェーは13種類、反応は120種類、関与している化合物は117ある。反応に関与する酵素や生成物をクリックするとさらに詳しい情報が見られる。 University of Minnesota. Lynda B. M. Ellis, Ph.D.
lynda@umnhcs.
labmed.umn.edu
PUMA, Phlogeny Metabolism Aligments http://www.mcs.anl.gov/
home/compbio/PUMA/Production/
puma_graphics.html
様々な生物種の代謝を比較することを目的としたデータベース。このデータベースには実験事実だけでなく推測も入っている。現在収録されているのはマイコプラズマ、インフルエンザ菌や大腸菌のような細菌類。ヒトである。 Argonne National Laboratory
EcoCyc: Encyclopedia of E. coli Genes and Metabolism http://ecocyc.PangeaSystems
.com/ecocyc/ecocyc.html
代謝経路のデータベース・知識ベース。大腸菌の遺伝子と中間代謝に関する「膨大な知識をコンパイルする」ことを短期的な目標としている。研究者が遺伝子や代謝経路を柔軟にブラウジングできるグラフィカル・ユーザー・インターフェイスが用意されている。EcoGene、Enzyme Databaseの内容がダウンロードされて組み込まれている。 Pangea Systems, Inc. Peter D. Karppkarp@
PangeaSystems.com
SDSC Protein Kinase Database http://www.sdsc.edu/kinases/ 生体の信号回路素子としてのキナーゼを理解することを目的としている。 SDSC, Inc.

⑥ 神経回路シミュレータ関連

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
The GENESIS-based neural database http://www.bbb.caltech.
edu/hbp/
database.html
ニューロシミュレータ(GENESIS)で利用するデータベースシステムを構築。
・検索機能(Search for models on subcellular and single cell levels)
・設定パラメータの表示とモデルの3次元表示機能・新規モデルの設定
・GENESISによるシミュレーション
Department of Electronic and Computer Engineering University of Colorado James M. Bower
GENESIS http://www.bbb.caltech.
edu:80/GENESIS/
genesis.html
生理実験データとの対応付けを意識したモデルシミュレータ。ある1つの細胞の複雑なモデルから神経細胞のコンポーネントで構成されている大きなネットワークのシミュレーションまでにわたる神経細胞のシステムのシミュレーションをサポートするために開発された、一般的な意図を持ったシミュレーションプラットフォーム Department of Electronic and Computer Engineering University of Colorado James Bower
genesis@
bbb.caltech.edu
CONICAL http://www-
acs.ucsd.edu/~jstrout/
conical/
C++で作られたニューロシミュレータライブラリ。ダウンロード可能。 3009 Basic Sciences Building University of California, San Diego 9500 Gilman Drive La Jolla, CA 92093-0608 Joseph J.Strout
jstrout@ucsd.edu
NEURON http://neuron.duke.edu/ 神経細胞シミュレータ Dept. of Computer Science, Yale University, PO Box 208285, New Haven, CT 06520-8285 Michael L. Hines
hines-michael@
yale.edu

John W. Moore
NeuronC http://retina.anatomy.
upenn.edu/
~rob/neuronc.html
神経回路シミュレータ(視覚系)Cライクなインタープリタ言語。1ニューロンから1000ニューロンまで処理可能。ソースコードをダウンロード可能 Rm 122F, Anatomy-Chemistry Bldg.Department of Neuroscience Univ of PAPhiladelphia, PA 19104-6058 Robert G.Smith
rob@retina.
anatomy.upenn.edu
The PDP++ Software http://www.cnbc.cmu.edu/
PDP++/PDP++.html
ニューラルネットワークシミュレータ(C++)。 Center for the Neural Basis of Cognition,Carnegie Mellon University Chadley K. Dawson,
Randall C. O'Reilly,
James L. McClelland.
BIOSIM Biologically - Oriented Neural Network Simulator http://www.cs.cmu.edu/
afs/cs/project/ai-
repository/ai/
areas/alife/systems/
biosim/0.html
生物学的指向の神経細胞回路網のシミュレータ。以下のモデルが組み込まれている。
・イオンチャネルのON/OFFのシンプルモデル・Hodgikin-Huxleyモデル
・SWIMモデル
・Golowasch-Buchholz model
CMU Artificial Intelligence Repository AI.Repository@
cs.cmu.edu
the Electrophysiology of the Neuron http://tonto.stanford.edu/
~john/eotn.html
ある1つの神経細胞のシミュレーションをコンピュータの画面に映し出すインタラクティブなツール。 Department of Neurology and Neurological Sciences Stanford University School of Medicine Stanford Section of Neurobiology Yale University School of Medicin John Huguenard  
John.Huguenard@
stanford.edu
David A. McCormick 
David.McCormick@
Yale.edu

⑦ 解析ツール

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
Synapse http://www.synergyresearch.com/
NeuroSoftware.html
電子生理学とイオン画像のプログラム。
継続データ、偶発データ双方の取得、分析を合わせて行う。
Synergy Research Inc. info@SynergyResearch.com
Synapse IP http://www.synergyresearch.com/
NeuroSoftware.html
電子生理学と蛍光画像を併せたプログラム。
電子シグナルと画像両方の取得、分析を行う。
Synergy Research Inc. info@SynergyResearch.com
AXOCALC UTILITY http://www.pbrc.hawaii.edu/
~danh/Resources/
axocalcdoc.html
均一な円柱状の神経細胞突起の索パラメータを計算するツール Bekesy Laboratory for Neurobiology
Pacific Biomedical Research Center
University of Hawaii
Daniel K.Hartline
danh@hawaii.edu

⑧ その他ツール

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
Animated Biomedical Courseware http://web.neoucom.edu/
DEPTS/NEUR/WEB/
animation/animation.html
細胞生物学の教育用ツール。ANIMATED PHYSIOLOGY,
the GRAPHIC BRAIN - neuroanatomy programs , GRAPHIC BRAIN -neurophysiology programs,
the entire CELL BIOLOGY animationのデモンストレーション
Northeastern Ohio University colleage of medicine

(d) 器官レベル
① 脳画像関連

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
The Whole Brain Atlas http://www.med.harvard.edu/
AANLIB/home.html
脳全体の機能地図の作成を試みており、以下のようなカテゴリに分類し、
Javaを用いて脳の断面がビジュアル化可能となっている。
Normal Brain, Cerebrovascular Disease, Neoplastic Disease, Degenerative Disease, Inflammatory or Infectious Disease
Harvard Medical School lecture notes: Introduction to Neuroimaging Keith A. Johnson
keith@bwh.harvard.edu
J. Alex Becker
jabecker@mit.edu
BrainWeb: Simulated Brain Database http://www.bic.mni.mcgill.ca/
brainweb/
BrainWebはWebインターフェイスを持つ医学画像データベースである。MRI simulatorによって作り出されたMRIデータ一式を含む。
これらのデータは、現在2つの解剖学的なモデル(ノーマル・多発性硬化症)に基づいたsimulated brain MRI dataを含んでいる。どちらも3次元のデータが3つのシーケンスや様々な厚さの切片や、ノイズレベル、不均一性レベル等を使ってシミュレーション可能となっている。これらのデータは3つの直交的な観点で論じられており、ダウンロード可能である。
(解剖学モデルとそのシミュレーションに関しては開発中)
McConnell Brain Imaging Centre
Montreal Neurological Institute,
McGill University
Peter Neelin
web@bic.mni.mcgill.ca
BRAID: Brain Image Database http://braid.rad.jhu.edu/
braid.html
The BRAID projectは、MRI, PET, CT等3Dの脳画像の操作・解析を行うためのデータベースの開発を行っている。
・Image Datatypes
・Image Operators・Statistical Operators
・Web Interface
Johns Hopkins Radiology - NeuroImaging Laboratory R. Nick Bryan
rnbryan@rad.jhu.edu
The Internet Brain Segmentation Repository (IBSR)
MR Image data
http://neuro-www.mgh.
harvard.edu/
cma/ibsr_f/data.html
MRのイメージデータのダウンロードとデータのアップロード Internet Brain Segmentation Repository Center for Morphometric Analysis Massachusetts General Hosptial Andy
andy@cma.mgh.
harvard.edu
Neuroanatomy Foundations http://users.aol.com/
CoolSpring/Index.html#NeuroF
人間の脳の解剖学への導入部分。脳の構造の画像が、3次元で解剖、拡大した形で表され、
ある部分をクリックするだけで細部を見ることができる
Cool Spring Software CoolSpring@aol.com
Clinical Neuropsychology http://users.aol.com/CoolSpring/
CLNeuro.html
脳障害(失語症、健忘障害等)の症状を簡潔に要約しているもので、高品質のカラーとグレースケールで解剖した脳を表す画像を提供している Cool Spring Software CoolSpring@aol.com
BrainMap http://ric.uthscsa.edu/projects/
brainmap.html
人間の機能的な脳地図研究のための環境ソフトウェア。
脳の部位を人間の行動機能やデータソースに関連付けることができる。BrainMap Database, DBのViewer, 検索ツールがある。
Research Imaging Center University of Texas Health Science Center at San Antonio Mark Stewart 
stewart@uthscsa.edu

② 脳に関するツール

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
Structual Information Server(DB)Brain Mapper, Web-based Retrieval(Tool) http://www1.biostr.
washington.edu/
BrainProject.html
人の臓器について空間情報と記号情報で表現するStructual Information Serverを作成し、脳のマッピングを行うためのツール(Brain Mapper,Web-based Retrieval)を提供する。 Department of Biological Structure
University of Washington
J. F. Brinkley
brinkley@
u.washington.edu
Surface-Based Atlases http://stp.wustl.edu/ ヒトとマカクサルの大脳皮質マップ。各種ツール、データベースがダウンロード可能(一部アプリについては登録必要)。
画像データはHuman Visible Projectから利用
Department of Anatomy & Neurobiology
Washington University
David Van Essen
vanessen@
v1.wustl.edu
SLACC, CARET(Computerized Anatomical Reconstruction and Editing Toolkit) http://stp.wustl.edu/ 大脳皮質のマップ作成ツール Van Essen Lab,
Washington University School of Medicine
Heather A. Drury
heather@v1.wustl.edu
MEDx http://www.sensor.com/ 3次元断層撮影分析システム Synergy Research Inc. Sensor Systems for the MRIPs group at NIH info@
SynergyResearch.com
Brainiac!
Interactive Human Neuroanatomy Atlas
http://www.webcom.com/
~medmult/brainiac.html
インタラクティブな神経解剖学のアトラス表示ツール。 Medical Multimedia Systems MedMult@AOL.com
Medical Encyclopedias http://www.adam.com/
index.html
Medical Encyclopediasは、カラー写真やイラストを用いて医学情報を理解しやすくするデータを素早く簡単に検索できるツール A.D.A.M. Software, Inc.
BrainImage http://www-
cap.stanford.edu/
research/neuro/
BrainImage.html
2次元、3次元の画像処理・分析プログラム Stanford University Neuroimaging Lab webmaster@www-
cap.stanford.edu
The BrainMaster http://www.brainmaster.com/
homepage.htm

ftp://ftp.brainmaster.com/
pub/brainm
EEGモニタリング&解析ソフトウェア 7505 Fairmount Rd.
Novelty, OH 44072
Tom Collura
tomc@
brainmaster.com

③ 解剖学関連

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
The Visible Human Project http://www.nlm.nih.gov/
research/visible/
visible_human.html
1986年から行われているNational Library of Medicine(NLM)のプロジェクトであり、
人体の3次元(CT,MRI等のイメージ)データセット(Visible Human Data Set)を作成している。また、これらのデータを用いて人体の断面を可視化するツール(2D,3D)がありデータと合わせて公開.
Lister Hill National Center for Biomedical Communications
U.S. National Library of Medicine (NLM)
Michael J. Ackerman
Body Voyager http://www.adam.com/
index.html
Body Voyagerは、人間の体を解剖したイラストなどを含む解剖学に関する画像のデジタルデータベース A.D.A.M. Software, Inc.
ATLAS-plus http://www.med.umich.edu/
lrc/Atlas/atlas.html
人間の解剖学の基本的なコンセプトを教えるため、デジタル画像やコンピュータグラフィック、サウンド、アニメーション等の用法を統合しているプログラム。 the Department of Anatomy and Cell Biology and the Learning Resource Center. the University of Michigan visiblep@aol.com
Human Anatomy On-line http://www.innerbody.com/
indexbody.html
人間の体のイラストを100以上得ることができ、それに関する何千もの説明にリンクできるプログラム Informative Graphics Corp.

(e) 脊椎動物

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
Zebrafish database http://zebra.sc.edu/ ゼブラフィッシュのデータベース。本サイトでは、ZFIN(Zebrafish Information Network)を用意しており、
ゼブラフィッシュを研究している研究所、研究者などが検索可能となっている。
University of South Carolina Richard Vogt
vogt@biol.sc.edu
The Visible Embryo http://www.visembryo.com/
baby/index.html
受精卵、着床などヒトの発生に関す映像があり、ブラウザで見ることができる。 University of California at San Francisco Ron Ruggiero

(f) 無脊椎動物

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
APLYSIA database http://ganglion.med.cornell.edu/ 軟体動物であるアメフラシ(ウミウシ)の生理学データを格納したデータベース。 Cornell University Medical College Daniel Gardner
dan@aplysia.med.cornell.edu

(g) リンクサイト

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
Human Brain Project http://www.nimh.nih.gov/
neuroinformatics/index.htm
Human Brain Project(以下HBP)。本プロジェクトに参加している各研究機関がそれぞれ独自にHBPのHPを作成し、このページからリンクがはられている。各研究機関のHBPに対する取り組みの紹介が主であり、ツールやデータベースの公開が少しずつ行われておいる。 National Institute of Mental Health Stephen Koslow
koz@helix.nih.gov
The Physiome Project http://www.physiome.org/ Physiome Projectでは、小器官、細胞、組織、器官、個体の機能的行動など散在する情報や統合モデルを設計、開発、構築、検証、文書化するための多中心なプログラムを統合化することを目的としている。長期的には、ヒトの生理学と病態生理学について理解し、ヒトの健康を増進するために本プロジェクトでの知見を利用することを目標としている。このプロジェクトは、生理学上のシステムに関する情報を要約するモデルを提供することと、多くの研究機関から創出された知見を、一貫した形で統合するために、検索・評価のための基礎的な実験による知見のデータベース化を試みようとしている。 National Simulation Resource(NSR), University of Washington
Vision Science(An Internet Resource for Research in Human and Animal Vision) http://www.visionscience.com/ インターネット上で公開されている視覚系のリソースのリンク集を作成し公開している。情報として研究機関情報、ソフトウェア、イメージデータなどの資源情報が公開されている。
Public Brain Mapping Division Resource http://brainmapping.loni.
ucla.edu/BMD_HTML/
SharedCode/Shared.html
さまざまな教育用ツール、ソフトウェアを提供している。 UCLA Brain MappingDivision Mark S. Cohen
Cool Spring Software http://users.aol.com/
CoolSpring/Index.html
神経生理学や神経医科学の分野において教育用のツールを提供している。また、神経生理学の検査や調査のための道具等も備えている。 Cool Spring Software CoolSpring@aol.com
Healthcare Information Systems Directory http://www.health-
infosys-dir.com/
ヘルスケアに関するソフトウェアにリンクできるのリンク集 The Healthcare Information Systems Directory Robert Dean
hisd@health-
infosys-dir.com
IUBio Archive http://iubio.bio.indiana.edu/ 生物学のデータやソフトウェアを保管している。分子データやソフトウェア、生物学に関するニュースや記事を読んだり検索したり、引き出したりできる。 archive@bio.indiana.edu
Medical Software http://med-library.com/
medlibrary/Medical_Software/
医療情報を検索するツール。医学の専門家だけでなくそれ以外の人も利用できる。 The Multimedia Medical Reference Library, Jonathan Tward
Universal Molecular Modeling Software List http://cmm.info.nih.gov/
modeling/software_list/
sw_index_document.html
分子モデリングに用いるソフトウェアのリスト NIH
Mosby http://www.mosby.com/
mosby/open/hbro_js
ソフトウエアを、興味のある分野や、タイトル、作者名、ISBN/ISSNから、検索できるツール Mosby, Inc webmaster@mosby.com
Software for Molecular Biology http://molbio.info.nih.gov/
molbio/software.html
分子生物学やシークエンスの分析の分野に関連するソフトウェアにアクセスできるサイト ational Institutes of Health (NIH) dir-guide@nih.gov
Network Science http://www.netsci.org/ NetSci上で公表されているデータ、ツールを利用できる検索エンジン。 Network Science Corporation editors@netsci.org.
Software for Neuroscience Squid AxonMAC http://neurowww.cwru.edu/
teach/soft.htm
様々な刺激を与えた状況下での膜電位とナトリウム、カリウム電流を示す高性能のsharewareプログラム等のリンク集 Department of Neurosciences in the School of Medicine of Case Western Reserve University
Medical Matrix http://www.medmatrix.org/
index.asp
医学に関するリンク集。データベースを登録したり、利用したりできる。利用するにはレジストリが必要。 Medical Matrix L.L.C. medicalmatrix@
slackinc.com
Software for science http://www.biosoft.com/ データ分析、グラフィックス、統計学、シークエンス処理、デンシトメトリ、測定、配位子結合研究、動態学、教授法などのためのプログラムのリンク集。 BIOSOFT info@biosoft.com
The BioNet Software Compendium http://www.leeds.ac.uk/
bionet/compend/contents.htm
Bio Netのメンバーによって収集されたもので、解剖学&組織学、生物化学、IT Skills&General、医学、微生物学、分子生物学&遺伝子学、生態学、生理学、植物科学、等に関するアプリケーションの概要が示され、リンクされている。 Universities of Aberdeen and Leeds Riley and Andrew Booth

(h) その他

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
The Online Directory of Medical Software http://www.healthcare
computing.com/onlindir.html
1400以上の臨床ビジネスアプリケーションをオンラインで検索可能。 Healthcare Computing Publications hcpstaff@healthcarec
omputing.com
Basic Brain Functions and Structures http://www.en.com/
abackans/brain.html
神経心理学機能と脳の部位の相互関係について容易に説明できる教育用ツール ABackans Diversified Computer Processing, Inc. abackan@en.com
Computational Chemistry & Molecular Modeling http://www.sgi.com/
chembio/apps/comp_chem/
化学、生物学のコンピュータグラフィックのモデリングを提供するソフトウェア Silicon Graphics, Inc. webmaster@sgi.com
Stroke Patient Care Tools http://www.aan.com/
stroketools/home.html
脳虚血発作の患者を治療している神経学者が有効に利用できることを目的としたツール。 The American Academy of Neurology David A. Stumpf
das@dstumpf.net
Etools@NCEMI http://www.ncemi.org/
etools/
オンラインで質問に答えることによって被験者の症状を調査できる救急医療用ツールとして、Apgar score:新生児の状態を調べるGeriatric depression scale (Koenig):老人のうつ病を調べる、等が用意されている。 National Center for Emergency Medicine Informatics jah505@nwu.edu
Online Clinical Calculator http://www.intmed.mcw.edu/
clincalc.html
臨床の処方等についてオンラインで算出できるツール群を公開している。例えば、身長、体重から体表面積を測定、収縮時と弛緩時の血圧から平均の動脈圧を算出する、薬動学に関するデータを算出するツールがある。 Medical College of Wisconsin barnas@mcw.edu
Behaviral Model of Active Visual Perception and Recognition http://www.voicenet.com/
~rybak/vnc.html
動画を使用した、知覚・認識メカニズムのモデルソフト A.B.Kogan Research Institute for Neurocybernetics, Rostov State University 194/1 Stachka Avenue Rostov-on-Don 344090 Russia Lubov N. Podladchikova
w516@krinc.rnd.runnet.ru

① 解析ツール関連

資源名 URL 内容 提供機関 開発者
4D microscopy http://www.bocklabs.
wisc.edu/imr/
facility/4D/4d.htm
時間により成長、変化する際の3次元データを取得、変換、可視化、解析、再構築するソフトウェアを提供(Macintosh用)。 The Integrated Microscopy Resource ellis@
facstaff.wisc.edu
Alic http://www.perceptive.com/
ALICE.HTM
科学的、医学的な研究の画像処理をするための3次元の解析ソフトウェア PAREXEL International Corporation sales@
perceptive.com
MATLAB http://www.mathworks.
com/products/
matlab/
科学・工学分野のデータ解析、モデリングとシミュレーション、
可視化、そしてプログラミング機能を提供する対話型のソフトウェア。
各種ツールを組み合わせることにより、様々な分野の研究や開発が可能。
The MathWorks, Inc
IDL(Interactive Data Language) http://www.rsinc.com 様々な画像処理手法、統計解析手法、算術演算手法を駆使して、
計測機器等から得られる数値データや画像データを可視化し、解析していくためのアプリケーションである。日本ではアダムネット (
http://www.adamnet.co.jp/
scs/products/idl/
index.html)が代理店となっている。
Research Systems Inc.
NIH Image http://rsb.info.nih.gov/
nih-image/
画像解析ソフトウェアである。ソースコードがあって無料で提供されている2次元の画像システム。マッキントッシュ用のパブリックドメインの画像処理・解析プログラム the Research Services Branch(RSB) of the National Institute of Mental Health (NIMH) Wayne Rasband,
wayne@
codon.nih.gov
MLAB http://www.civilized.com/ 数学的、統計学的研究や、シミュレーションの解析や問題のモデリングのためのツール。 Civilized Software, Inc
DataWave Technologie Complete Solutions for Data Acquisition and Data Analysis http://www.dwavetech.
com/efault.asp
電子生理学、神経生理学、生理学に関する研究用のデータ取得・分析ツール DataWave Technologie sales@
dwavetech.com
GraphPad Software http://www.graphpad.
com/www/
welcome.html
カーブフィッティング、統計学の解析ツール(Prism)データのタイプを定義し、データを入力し、統計学検査を選択し、結果を出す(InStat)ツール 。 GraphPad Software, Inc sales@
graphpad.com

support@
graphpad.com

orders@
graphpad.com
Image-Pro Plus http://www.mediacy.com/
ippage.htm
画像解析ソフトウェアシステム Media Cybernetics, L.P. info@mediacy.com

(3) 研究者リスト
以下に本調査で収集した研究者のリストを示す。

No 研究者名 所属機関 研究内容
1 Arbib University of Southern California
E-mail: arbib@pollux.usc.edu
USCBP(University of Southern California Brain Project)の中心人物。
WWWからアクセス可能なシステムにしようとするBrain Models on the Web(BMW)の開発様々なレベルのニューラルネットワークのシミュレーションに対応したモジュールを記述し、これを結合してモデルを構築するUSC's Neural Simulation Language (NSL)の開発。
2 Stephen H.Koslow National Institute of Mental Health, NIH Director, Office of Neuroinformatics
Email: KOZ@HELIX.NIH.GOV
Neuroinformaticsのチェアマン。NIHのNeuroinformaticsの中心人物。
3 Michael Hirsch
National Institute of Mental Health,
NIHAssociate Director, Office on Neuroinformatics
E-mail: MHIRSCH@HELIX.NIH.GOV
Human Brain Projectを支援しているNational Institute of Mental Healthの責任者。
4 Thomas Aigner National Institute on Drug Abuse
E-mail: ta17r@nih.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Institute on Drug Abuseの責任者。
5 Mark Swieter National Institute on Drug Abuse
E-mail: ms80x@nih.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Institute on Drug Abuseの責任者。
6 Emmeline
Edwards
National Science Foundation,
Email: EEDWARDS@nsf.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Science Foundationの責任者。
7 Bradley C. Wise Program Direcor, Fundamental Neuroscience National Institute on Aging
E-mail: bw86y@nih.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Institute on Agingの責任者。
8 G. Reid Lyon National Institute of Child Health and Human Development
E-mail: lyonr@exchange.nih.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Institute of Child Health and Human Developmentの責任者。
9 Lisa Freund National Institute of Child Health and Human Development
E-mail: lf88x@nih.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Institute of Child Health and Human Developmentの責任者。
10 Rochelle Small National Institute on Deafness and Other Communication Disorders
Email: SMALLR@ms.nidcd.nih.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Institute on Deafness and Other Communication Disordersの責任者。
11 Peter A. Clepper National Library of Medicine
Email: CLEPPER@NLM.NIH.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Library of Medicineの責任者。
12 Terry Allard Office of Naval Research
Email: ALLARDT@ONR.NAVY.MIL
Human Brain Projectを支援しているOffice of Naval Researchの責任者。
13 Marc Shepanek National Aeronautics and Space Administration
Email: mshepane@hq.nasa.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Aeronautics and Space Administrationの責任者。
14 Sharon Hrynkow Fogarty International Center
E-mail: sh141s@nih.gov
Human Brain Projectを支援しているFogarty International Centerの責任者。
15 Dean Cole Office of Health and Environmental Research, U.S. Department of Energy
Email: DEAN.COLE@OER.DOE.gov
Human Brain Projectを支援しているOffice of Health and Environmental Research, U.S. Department of Energyの責任者。
16 Yuan Liu Division of Basic Research National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism
Email: yliu@willco.niaaa.nih.gov
Human Brain Projectを支援しているDivision of Basic Research National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholismの責任者。
17 James Kiley National Heart, Lung, and Blood Institute
Email: KILEYJ@gwgate.nhlbi.nih.gov
Human Brain Projectを支援しているDivision of Basic Research National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholismの責任者。
18 Patricia Bryant National Institute on Dental and Craniofacial Research
Email: bryantp@de45.nidr.nih.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Institute on Dental and Craniofacial Researchの責任者。
19 Cheryl A. Kitt National Institute of Neurological Disorders and Stroke
Email: KITTC@ninds.nih.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Institute of Neurological Disorders and Stroke
20 Daniel C. Sullivan National Cancer Institute Diagnostic Imaging Program/DCTD/NCI
Email: sullivand@dtpepn.nci.nih.gov
Human Brain Projectを支援しているNational Cancer Institute Diagnostic Imaging Program/DCTD/NCIの責任者。
21 James F. Brinkley Department of Biological StructureDepartment of Computer Science and Engineering, University of Washington
Email: brinkley@u.washington.edu
Human Brain Projectを支援しているThe UW Human Brain Projectの中心人物(UW Structural informatics Group)の責任者。
22 James M. Bower Department of Biology, Caltech ニューロシミュレータ(GENESIS)の開発者
23 Floyd Bloom The Scripps Research Institute, Department Of Neuropharmacology http://WWW-HBP-NP.scripps.edu/ServerData/HTMLs/
GeneralInfo/People/Goals/Bloomgoals.html
24 Warren Young The Scripps Research Institute, Department Of Neuropharmacology 霊長類、ネコ、齧歯類の神経回路のデジタルアトラス作成。
25 John Morrison The Scripps Research Institute, Department Of Neuropharmacology 脊椎動物の中枢神経系の包括的な神経回路網データベース(分子レベル、細胞レベル)
26 Gordon M. Shepherd Shepherd Lab, Yale University
E-mail: gordon.shepherd@yale.edu
脳の各部位のニューロンのデータベース(ModelDB)、ニューロンに関する数理モデルのデータベース(NeuronDB)、嗅覚のレセプタータンパクデータベース(ORDB)の開発
27 Michael Hines Department of Computer Science Yale University
E-mail: michael.hines@yale.edu
神経細胞シミュレータNEURONの開発。
28 Russell E. Jacobs Beckman InstituteCalifornia Institute of Technology
E-mail: rjacobs@caltech.edu
MRIのハードウェア・ソフトウェアの開発。画像のコントラストの最適化や空間・時間分解能の増加を目指している。
29 David Van Essen Dept. of Anatomy & Neurobiology, Washington University School of Medicine
E-mail: vanessen@v1.wustl.edu
Van Essen Labの中心人物。マカクサルの視覚皮質の情報処理を中心に研究。SLACC Maps(Surface-based Layered Atlas of Cerebral Cortical maps) の開発
30 Heather A. Drury Dept. of Anatomy & Neurobiology, Washington University School of Medicine
E-mail: heather@v1.wustl.edu
SLACC Maps (Surface-based Layered Atlas of Cerebral Cortical maps) の開発
ZANATデータベースの開発
31 J. F. Brinkley Department of Biological StructureUniversity of Washington
E-mail: brinkley@u.washington.edu
人の臓器について空間情報と記号情報で表現するStructual Information Serverを作成し、脳のマッピングを行うためのツール(Brain Mapper,Web-based Retrieval)を開発している。
32 R. Nick Bryan Johns Hopkins Radiology - NeuroImaging Laboratory
E-mail: rnbryan@rad.jhu.edu
The BRAID projectの中心人物。MRI, PET, CT等3Dの脳画像の操作・解析を行うためのデータベース(BRAID: Brain Image Database)の開発を行っている。
33 Keith A. Johnson Harvard Medical School lecture notes: Introduction to Neuroimaging
E-mail: keith@bwh.harvard.edu
The Whole Brain Atlasの中心人物。脳全体の機能地図の作成。
34 Michael J. Ackerman Lister Hill National Center for Biomedical Communications
U.S. National Library of Medicine (NLM)
The Visible Human Projectの中心人物。人体の3次元(CT,MRI等のイメージ)データセット(Visible Human Data Set)の作成。
35 Mark Stewart Research Imaging Center University of Texas Health Science Center at San Antonio
E-mail: stewart@uthscsa.edu
人間の機能的な脳地図研究のための環境ソフトウェアの開発。
36 Leon Avery Department of Molecular Biology and OncologyUniversity of Texas Southwestern Medical Center
E-mail: leon@eatworms.swmed.edu
ACeDBに関する情報を検索するツールの開発。
37 David Botstein School of Medicine, Stanford University
E-mail: otstein@genome.stanford.edu
酵母の全塩基配列データのデータベース開発。
28 Robert G. Smith Department of Neuroscience Univ of PA
E-mail: rob@retina.anatomy.upenn.edu
視覚系の神経回路シミュレータ(NeuronC)−Cライクなインタープリタ言語−の開発。
39 George Wilcox Medical Research Council/University of LeicesterMinnesota Supercomputer Institute/University ofMinnesota
E-mail: george@lenti.med.umn.edu
イオンチャネルデータベースの開発。
40 F. Bezanilla UCLA Department of Anesthesiology
E-mail: fbezanil@ucla.edu
ELECTROPHYSIOLOGY Simulation Programsの開発。
41 Patrick Kelly UCSD Retina Information PageUniversity of California
Email: phkelly@ucsd.edu
網膜のデータベースシステム(NeuronRetDB)の構築。
42 Wayne Rasband Research Services Branch(RSB) of the National Institute of Mental Health (NIMH)
E-mail: wayne@codon.nih.gov
NIH Image画像解析ソフトウェアの開発。
43 Toni Kazic Institute for Biomedical ComputingWashington University
E-mail: toni@athe.wustl.edu
生体分子のデータベース(Klotho)の構築。化合物の構造の生成、反応の予測などを行うツールを集めた統合環境(Moirai)の開発。
44 Lynda B. M. Ellis University of Minnesota
E-mail: lynda@umnhcs.labmed.umn.edu
有機化合物の生分解反応パスウェーに関するデータベース(Biocatalysis/Biodegradation Database)の構築。
45 Peter D. Karp Pangea Systems, Inc.
E-mail: pkarp@PangeaSystems.com
代謝経路のデータベース・知識ベース(EcoCyc)の構築。